Nieuwsbank

Schrijft, screent en verspreidt persberichten voor journalistiek, search en social media. Hét startpunt om uw nieuws wereldkundig te maken. Ook voor follow-ups, pitches en korte videoproducties.

Promotie RuG: Sneller, maar niet snel genoeg

Datum nieuwsfeit: 18-01-2002
Vindplaats van dit bericht
Bron: Rijksuniversiteit Groningen
Zoek soortgelijke berichten
Rijksuniversiteit Groningen

Promotie

Sneller, maar niet snel genoeg

Eiwitmoleculen zijn zeer lange ketens van aminozuren. In levende organismen zijn deze ketens opgevouwen tot een compacte, goed gedefinieerde structuur: de natieve structuur. Berekenen hoe de ketens zich opvouwen en hoe de structuur ontstaat, is (nog) niet mogelijk. Soms kan de natieve structuur echter wel experimenteel bepaald worden met Röntgendiffractie van eiwitkristallen of met NMR. Als dat het geval is en de natieve structuur bekend is, kan men berekeningen aan de dynamica van het eiwit uitvoeren. Er kunnen echter alleen kortdurende (delen van) bewegingen worden berekend. Dat komt omdat de stapjes van de simulaties zeer klein zijn - 2 tot 5 femtoseconden (10-15 sec) - en omdat er zeer veel interacties te berekenen zijn. Het resultaat is een simulatie van op zijn hoogst enkele microseconden, terwijl interessante processen, zoals bijvoorbeeld het opvouwen, een tijdsbestek van enkele seconden vergen.

In zijn proefschrift onderzoekt Berk Hess of de simulaties te versnellen zijn door het weglaten van de interacties met het oplosmiddel water. Zijn conclusie luidt dat vereenvoudiging niet veel toekomst heeft. Ook de vereenvoudigde simulaties zijn niet snel genoeg. Bovendien stelt Hess de vraag of uit relatief korte simulaties ook relevante informatie kan worden gehaald. Ook hier constateert hij dat korte simulaties nauwelijks iets zeggen over lange termijn dynamica.

Berk Hess (Groningen, 1972) studeerde Technische Mechanica aan de RUG. Het onderzoek werd uitgevoerd bij de moleculaire dynamica groep, onderdeel van de vakgroep biofysische chemie van de RUG en gefinancierd door NWO.

Datum en tijd

vrijdag 18 januari 2002, 16.00 uur

Promovendus

ir. B. Hess, e-mail: (hess@chem.rug.nl) (werk)

Proefschrift

Stochastic concepts in molecular simulation

Promotor

prof.dr. H.J.C. Berendsen en dr.ir. J.G.E.M. Fraaije

Faculteit

wiskunde en natuurwetenschappen

Plaats

Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

reageer via disqus

Nieuwsbank op Twitter

Gratis persberichten ontvangen?

Registreer nu

Profiteer van het gratis Nieuwsbank persberichtenfilter

advertentie