Nieuwsbank

Schrijft, screent en verspreidt persberichten voor journalistiek, search en social media. Hét startpunt om uw nieuws wereldkundig te maken. Ook voor follow-ups, pitches en korte videoproducties.

Promotie: eiwitvouwing veel sneller nabootsen

Datum nieuwsfeit: 05-07-2002
Vindplaats van dit bericht
Bron: Rijksuniversiteit Groningen
Zoek soortgelijke berichten

Rijksuniversiteit Groningen

Eiwitvouwing veel sneller nabootsen

Bijna alles wat zich in een biologische cel afspeelt, gebeurt via eiwitten. Toch is nog niet alles bekend over hoe eiwitten in de cel gemaakt worden. De manier waarop ze zich opvouwen tot een driedimensionale structuur - een cruciaal onderdeel in het wordingsproces - valt bijvoorbeeld nog niet goed in een computersimulatie na te bootsen. Eiwitten ontstaan in eerste instantie als een lange draad. Die draad vouwt zich vervolgens op tot een kluwen. Het wonderlijke is dat die kluwen, als we het over één bepaald eiwit hebben, er bijna altijd precies hetzelfde uitziet. Ook als de kluwen door voorzichtig verwarmen in een reageerbuis wordt losgeweekt tot de draad, kleeft hij bij afkoeling weer tot precies dezelfde kluwen in elkaar. Het probleem van de computersimulatie zit hem in de chaotische, onoverzichtelijke dynamiek van alle atomen in de draad terwijl die zich aan het opvouwen is. Om een eenvoudigere kijk op het geheel te krijgen, heeft Anton Feenstra in zijn promotie-onderzoek geprobeerd om patronen te ontdekken in de chaos. "In computersimulaties lukt dat inderdaad," zegt hij, "en uit de literatuur en uit eigen experimenten heb ik ook aanwijzingen gevonden dat die patronen in echte eiwitten ook kunnen bestaan." Helemaal rond is de zaak nog niet, maar Feenstra is er wel van overtuigd dat het onderzoek de goede richting uitgaat. Door een afzonderlijk toe te passen vereenvoudiging van de simulatiemethode wist hij de snelheid ervan al driemaal te verbeteren. "Maar als deze methode eenmaal werkt, zal de simulatie van de eiwitvouwing misschien nog eens tientallen malen sneller gaan dan nu al het geval is." /JS

Ir. Anton Feenstra (1971, Zweden) studeerde Moleculaire Wetenschap in Wageningen. Het promotieonderzoek werd uitgevoerd bij de vakgroep Biofysische Chemie van de onderzoekschool GBB van de RUG. Feenstra gaat door als postdoc bij de vakgroep Farmacochemie van de Vrije Universiteit in Amsterdam.

Datum en tijd

vrijdag 5 juli 2002, 14.15 uur

Promovendus

ir. K.A. Feenstra, tel. (020)444 76 08, fax (020)444 76 10, e-mail: (feenstra@chem.vu.nl) (werk)

Proefschrift

Long term dynamics of proteins and peptides

Promotores

prof.dr. H.J.C. Berendsen en prof.dr. A.E. Mark

Faculteit

wiskunde en natuurwetenschappen

Plaats

Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Promotie

reageer via disqus

Nieuwsbank op Twitter

Gratis persberichten ontvangen?

Registreer nu

Profiteer van het gratis Nieuwsbank persberichtenfilter

advertentie