CPRO DLO

Greenomics opdracht sequencen volledig genoom

Greenomics verkrijgt opdracht voor sequencen van een volledig genoom

Greenomics, de activiteit van CPRO-DLO en IPO-DLO die gericht is op het analyseren van het DNA van met name planten en micro-organismen, heeft de eerste opdracht verkregen voor het analyseren van het volledige DNA van een organisme. Het Wageningen Centre for Food Sciences heeft opdracht gegeven om de volgorde van de DNA bouwstenen van een melkzuurbacterie (Lactobacillus) op een rijtje te zetten (te 'sequencen'). Het DNA van deze bacterie bevat ongeveer 2.800.000 DNA bouwstenen. Met de opdracht is een paar miljoen gulden gemoeid.

Melkzuurbacteriën spelen een belangrijke rol in de voedingsmiddelenindustrie. De enzymatische omzettingen die de melkzuurbacteriën verzorgen, verbeteren de smaak, structuur en bewaarbaarheid van vele producten. Wageningen Centre for Food Science wil inzicht verschaffen in de erfelijke eigenschappen van melkzuurbacteriën, om zo hun 'gedrag' onder verschillende condities beter te kunnen begrijpen. Dat is de reden waarom Wageningen Centre for Food Sciences geïnteresseerd is in de bouwsteenvolgorde van het DNA van melkzuurbacteriën.

Als de volledige volgorde van de bouwstenen bekend is, kunnen in het DNA de plaatsen aangewezen worden waar de genen liggen. Dat gebeurt met behulp van het computersysteem en de software waarover CPRO-DLO en IPO-DLO beschikken. Daarna zal Wageningen Centre for Food Sciences de functie van de genen onderzoeken, zodat eigenschappen van de bacterie gericht aangepast kunnen worden.

Het gezamenlijke lab van CPRO-DLO en IPO-DLO beschikt als een van de eerste Europese laboratoria over zogenaamde ultra high throughput DNA-sequencers. Het lab is daardoor in staat om in de nabije toekomst tot 1.500.000 DNA-bouwstenen per dag te sequencen. Dat wil echter niet zeggen dat de bouwsteenvolgorde van het totale DNA in slechts twee dagen opgehelderd kan worden. Voor voldoende zekerheid moet het DNA namelijk meerdere malen geanalyseerd worden.

Bij het sequencen wordt het DNA van de bacterie eerst met een chemische reactie in grote stukken geknipt en daarna geanalyseerd. De onderzoekers moeten er daarbij zeker van zijn dat l het DNA van de bacterie geanalyseerd wordt. Daarom worden twintig maal zo veel stukken DNA geanalyseerd dan minimaal nodig zijn om de gehele lengte van het DNA te beslaan.
Om voldoende zeker te zijn van de gevonden volgorde van de bouwstenen, moet bovendien ieder stuk DNA ten minste 6 keer worden geanalyseerd.

Greenomics zal de totale volgorde, inclusief de positie van de genen, binnen een jaar leveren aan het Wageningen Centre for Food Sciences.


-------------------------------------------------------------

Noot aan de redactie:
Erik Toussaint
Tel: 0317 47 7017
WWW: https://www.cpro.dlo.nl

Opvraagbare illustraties:

- Afbeelding van een Lactobacillus

- Foto van sequence apparatuur. Bron: Perkin Elmer/ABI & CPRO-DLO


- Foto van een robot die gebruikt wordt voor het isoleren van DNA. Bron: CPRO-DLO

- Electronisch bestand met kleurenbeeld van de colony picker. Bron: Genomics Solutions, UK & CPRO-DLO
- Voorbeeld van de uitvoer van een analyse-apparaat (veelkleurige grafieken)

10 mei 99 08:33

Zoekwoorden:

Deel: ' Greenomics krijgt opdracht sequencen volledig genoom '




Lees ook