Rijksuniversiteit Groningen


Promotie

Structuur en reactiemechanisme van dichloorethaan-afbrekend eiwit opgehelderd

De industrie gebruikt de gechloreerde koolwaterstof 1,2-dichloorethaan om PVC te maken. De stof is schadelijk voor mens, dier en milieu. Eenmaal op de afvalberg beland, breekt het niet of nauwelijks af. De bacterie Xanthobacter autotrophicus kan dit wel. Dit afbraakproces verloopt echter erg traag. Bovendien lust de bacterie niet alle gechloreerde koolwaterstoffen. Ivo Ridder onderzocht daarom of het afbraakproces sneller zou kunnen en of het toepasbaar is voor andere milieuvervuilende chloorverbindingen. Daarvoor is het belangrijk om eerst te weten hoe Xanthobacter autotrophicus dichloorethaan precies onschadelijk maakt. In de bacterie vinden achtereenvolgens vier chemische reacties plaats waardoor dichloorethaan wordt omgezet in glycolaat, de eigenlijke energiebron van de bacterie. Om deze reacties mogelijk te maken produceert zij vier verschillende enzymen. Twee hiervan katalyseren het verbreken van een koolstof-chloorbinding, namelijk haloalkaan dehalogenase en L-2-haloalkanoaat dehalogenase. Ridder onderzocht met behulp van röntgenstraling hoe deze twee enzymen er uitzien en hoe ze precies werken. "Daarmee kon ik de driedimensionale structuur en het reactiemechanisme van L-2-haloalkanoaat dehalogenase volledig ophelderen", aldus Ridder. Het lukte hem niet om de afbraak te versnellen.Wel leidden gerichte manipulaties van het enzym tot een eiwit dat andere haloalkanen kan afbreken. Ridder: "Overigens lijken de twee eiwitten die ik bestudeerde helemaal niet op elkaar wat betreft hun driedimensionale structuur. Toch vertonen ze binnenin het eiwit, waar de reactie plaatsvindt, juist wel sterke overeenkomsten . Dat vind ik erg intrigerend."

Ridder (Delft, 1968) studeerde scheikunde aan de Universiteit Utrecht. Hij verrichtte zijn promotieonderzoek bij de vakgroep Biofysische chemie van de RUG, binnen onderzoeksinstituut BIOSON en onderzoekschool GBB. SON en NWO financierden het onderzoek. Ridder is tegenwoordig werkzaam bij NWO in Den Haag.

Datum en tijd

vrijdag 19 november 1999, 14.15 uur

Promovendus

I.S. Ridder, tel. (070)344 07 71, e-mail ridder@nwo.nl, (werk)

Proefschrift

X-ray stuctural studies on two dehalogenating enzymes from Xanthobacter autotrophicus GJ10

Promotor

prof. dr. B.W. Dijkstra

Faculteit

wiskunde en natuurwetenschappen

Plaats

Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Deel: ' Promotie Reactiemechanisme dichloorethaan-afbrekend eiwit '




Lees ook